W historii religii świątynie nie wyczerpują wszystkich możliwości sakralnej przestrzeni. Święte mogły być gaj, góra, rzeka czy źródło. Wydaje się jednak, że współcześnie najbardziej zapomnianą sferą sacrum jest jaskinia.
Badacze nadal spierają się, czy groty, w których znajdują się słynne malowidła naskalne, pełniły funkcję kultowe (a ściślej: czy były miejscami szamańskiej inicjacji). Wiadomo jednak, że starożytni Minojczycy uznawali kreteńskie jaskinie naciekowe za miejsca święte. Wybitny mitoznawca i historyk religii Károly Kerényi twierdził, że w starożytności odgrywały one tak doniosłą rolę, że wpłynęły na architektoniczną wyobraźnię twórców minojskich pałaców.
Na wyspie znajduje się co najmniej 300 jaskiń. Wiele z nich można zwiedzać do dziś, jak choćby Jaskinię Idajską, określoną jako „pszczela”, według mitologii miejsce narodzin Zeusa. Można się domyślać, że kryje się za tym niezwykle ciekawy kompleks wierzeń. Zanim pszczoły zostały udomowione, najczęściej spotykano je właśnie w grotach. Według mitologii owady te karmiły młodego Zeusa. Kerényi utożsamił cenny miód z krwią po narodzinach Zeusa i z wodami płodowymi bogini. Jego zdaniem w kreteńskich jaskiniach czczono Ejlejtyję – córkę Zeusa i Hery, boginię patronującą porodom, początkom życia i kobietom. Bardziej wyróżniające się stalagmity badacz interpretował jako symbole pępka, będące również czymś w rodzaju ołtarza. Za tą argumentacją przemawia odkrycie w jaskini Inatos w okolicach Tsoutsouros figurek kopulujących ze sobą par.
Mitologia minojska dotrwała do naszych czasów jedynie fragmentarycznie – jej elementy wchłonęła mitologia Greków. Ostrożne odtworzenie pewnych motywów starokreteńskich świętych opowieści jest możliwe m.in. za pomocą odkrywanej przez archeologów starożytnej sztuki – dzięki wyobrażeniom uwiecznionym na pieczęciach i wazach.
Do niektórych kreteńskich świętych jaskiń wstęp mieli tylko nieliczni. W trakcie odprawianych tam tajemnych obrzędów prawdopodobnie odurzano się miodem pitnym. Zgodnie ze świadectwem starożytnego historyka Diogenesa Laertiosa to właśnie w Jaskini Idajskiej sam Pitagoras miał dostąpić wtajemniczenia w misteria, które zostały określone jako „orgiastyczne”.
Przywołajmy w tym miejscu śmiałą hipotezę amerykańskiego pisarza Terence’a McKenny. Według tego pomysłowego badacza człowiek prehistoryczny przechowywał w miodzie grzyby halucynogenne, co pozwalało mu spożywać je także poza sezonem, w którym występowały. Z czasem miód jednak fermentował, co doprowadziło do odkrycia alkoholu. Wraz z rozwojem dziejów skupiono się na oszałamiających właściwościach sfermentowanego miodu, a kulturę grzybową zastąpiła kultura alkoholowa. Jeśli teoria McKenny nie jest czczą spekulacją, minojskie objawienia, które Kerényi nazywa „preludium do historii religii Europy”, należałoby również zbadać pod kątem związków z psychodelikami.